卵巢巧克力囊肿是内异症的一种表现，目前内异症在女方因素而行试管婴儿的患者中约占30%，而内异症患者不孕症的发生率高达40—50%。
卵巢巧克力囊肿可损害卵巢内血管分布，降低卵巢对促性腺激素的反应，减低卵巢的储备。
通过其它广泛未知的分泌通路来干扰卵巢反应、卵子质量、受精、胚胎质量和着床等，如巧克力囊肿患者腹腔液中巨噬细胞、前列腺素、肿瘤坏死因子改变等导致卵子质量下降，内膜中整和素下降、白血病抑制因子表达异常导致内膜容受性下降而干扰着床等。
卵巢巧克力囊肿的主要治疗方法
药物治疗
目前多采用GNRHa治疗。但单纯采用GNRHa会抑制排卵，不主张单用，多用于试管婴儿的前期治疗。国内及国际大多数的研究认为，试管婴儿前应用2至6个月的GNRHa治疗可以增加试管婴儿的优质胚胎率、着床率，降低流产率。
用此种方案的患者，促排卵所需的药量增加，获卵数减少，患者的信心会受到打击，会自认为我条件很差，成功希望渺茫等，但最终的治疗结果显示，此类患者可以得到与单纯输卵管因素患者相似的临床妊娠率和较低的流产率。
手术治疗
手术切除盆腹腔表面的内异症病灶，可能会改善盆腔的毒性环境，但会导致卵巢储备不可逆的降低，术后一年妊娠率 10 — 30 %，效率低。对无症状的3cm卵巢巧克力囊肿可以不必手术治疗。对需要手术的患者应该充分评价患者的卵巢储备情况及手术对卵巢可能的损害及患者的耐受情况方可向患者推荐。
试管婴儿治疗
试管婴儿治疗已成为巧囊患者获得妊娠的一种主要的方法。国内外研究报道，巧囊患者的试管婴儿成功率略低于单纯输卵管因素的患者，但统计学无差异。
子宫内膜异位症患者，特别是中重度患者和经历过手术的患者，可能会获得相对较少的卵子数，但这并不影响她们的妊娠成功率。
巧克力囊肿术后越早要小孩越好
术后是最容易怀孕的时期；
本病的复发机会较高，并且随着时间的推移，妊娠的能力会逐渐下降；
妊娠的过程是对这个病的最好治疗，也许生完小孩后，此病就痊愈了；
年龄越大本身生育能力也会逐年下降；
常年不生小孩，生殖器官的炎性疾患也会逐年增加，进一步影响妊娠的能力。
对于巧克力囊肿的术者
在进入促排的疗程中，会观察子宫和卵巢的情况，巧克力囊肿可能会出现以下两种情况：
1、如果巧克力囊肿面积过大，则建议先通过手术把囊肿切除再做试管，避免囊肿影响卵泡的质量；
2、如果巧克力囊肿面积不影响做试管，那可以先穿刺取卵，再进行手术，或者有些囊肿小面积不影响试管的疗程，就无需做任何的手术；所以，内异症患者，即使卵巢储备很差，也不要因为获卵数少、卵巢储备差而失去信心，只要你们不懈的努力，你们的努力就会获得丰厚的回报，做母亲的愿望将不再是梦想。