北京大学第三医院(简称北医三院)始建于1958年，是集医疗、教学、科研和预防保健为一体的现代化综合性三级甲等医院。

截止至2005年底医院共有在职职工2106人，病床1160张，日均门、急诊量近7000人次，连续8年居北京市各大医院之首医院设有29个临床科室、11个医技科室、5个研究所、1个中心实验室。现有博士点12个、硕士点24个、临床博士后流动站1个中科院院士1人，在岗博士生导师40人拥有国家级重点学科5个：骨科、运动医学、妇产科、眼科、心血管内科，国家级重点学科参与学科4个：血液科、泌尿外科、儿科、皮肤病与性病学。 

多年来，北京大学第三医院秉承“病人至上”为宗旨，以“团结、奉献、求实、创新”的院训，在“病人信任、员工爱戴、同行尊重、社会认可”的办院理念指导下，吸引了一大批有志献身医疗卫生事业的优秀医学技术人才和专业管理人才。"公正、公平、公开"的人才成长环境，为有识之士提供广阔的施展空间。 

北京大学第三医院的运动医学研究所是新中国最早成立的运动医学临床与科研为一体的研究所，主要专业有运动创伤、运动营养、医务监督和运动康复，为保证我国运动员的健康、提高运动成绩作出较大的贡献，我国参加的历届奥运会均有我院运动医学大夫作为随队医生，提供医疗服务保障。 

北京大学第三医院骨科在颈椎病诊断治疗方面，闻名全国，在脊柱的创伤、肿瘤、畸形，髋关节矫形以及人工关节置换等领域在同行中均有很高的威望。 1988年中国大陆首例试管婴儿在北京大学第三医院诞生。 同年由陈明哲教授成功完成了第一例经皮激光冠状动脉及外周血管成形术，为冠心病治疗开辟了新的途径。 1993年北京大学第三医院成功完成了国内首例肝内胆管膨胀性金属内支架留置术。 1996年国内首例腹腔食管裂孔疝修补胃底折叠术在北京大学第三医院获得成功。 

1997年心内心外专家同台操作完成国内首例在开胸搭桥术中的冠脉激光成形术。  

1998年北京大学第三医院首例肾移植手术成功 2000年北京大学第三医院首例肝移植手术成功。  

北京大学第三医院拥有许多大型的现代化医疗仪器设备，如：核磁共振成像仪、全身CT、血管造影机、多台彩色超声诊断仪，有多套病人监护系统、41台呼吸机、160台心电血压监护仪、26台透析机、35个口腔治疗台和4台自动生化分析仪。 

北京大学第三医院的信息化建设自1998年起有了较快的发展。至2004年底，已经建立了覆盖全院的双局域网体系，累计布放信息点1987个，上网微机780余台。 以经济管理为核心的管理信息系统已基本建成，门急诊挂号(包括电话预约挂号)、门急诊划价收费、住院结算、财务核算、医嘱录入、药房药库管理、物资供应管理等均已实现计算机化。病案管理也已启用，历史病案的数字化存储正在进行当中。我院作为北京市卫生局的试点，还率先建立了实名就诊卡发卡和门诊账户系统，为患者就医提供了方便。现累计发卡10万人次，居北京市各医院之首。 以医疗为核心的临床信息系统则在积极建设之中。除最早完成的检验系统之外，超声和内窥镜影像的计算机化管理也已实现。目前，正以放射科影像为基础的PACS正在酝酿之中，以进一步支持临床医疗工作。

此外，医学情报检索系统、教学管理平台、以网站为门户的办公系统的应用不仅规范了管理、提高了效率，也促进了临床和科研工作的发展。 科研工作是医院长久发展的动力，也是我院工作的重点之一。

根据2005年12月中国科学技术信息研究所发布的信息：我院2004年SCI文章发表数(37篇)在全国医疗机构中排名从2003年的第20位升至第8位，MEDLINE文章发表数排名第13位。

目前 我院在中华医学会二级分会以上兼职:主任委员、副主任委员、常委、学组正副组长48人次，涉及19个学科青年委员11人次，涉及9个学科“中华”级统计源期刊主编、副主编10人次，涉及7个学科。  

在教学工作方面，2002年始实行本科生、研究生、进修医、住院医培养“四轨合一”，进行教育资源的合理整合。同时强化职工全员培训，规定强制性课程，纳入年终考核。全院大教育的模式出露端倪。 

1998年韩启德获何梁何利基金科学与技术进步奖王宪获杰出青年学者奖1999年王宪获中华医学基金优秀青年奖2000年曲绵域获何梁何利基金科学与技术进步奖，张惠蓉获中华眼科金钥匙奖 李凤鸣获中华眼科金苹果奖。 

北医三院1988年被卫生部批准为首批三级甲等医院1990年在第11届亚运会医疗服务工作中作出突出贡献，受到卫生部、北京市政府嘉奖1994年在公费医疗管理改革工作中取得巨大成绩，受到北京市卫生局、北京市财政局奖励荣获2003年度北京市“教育创新”先进单位2004年被评为“首都公共卫生文明单位”和“首都文明单位”。  

2001年7月眼科中心楼竣工并投入使用，2005年10月外科病房楼投入使用。 2008年奥运会将在北京举行，北医三院作为奥运会指定医院，必将以一个良好的形象展示在世界人民面前。