子宫内膜异位症合并不孕的处理一般分三步走：
（1 ）应用腹腔镜或开腹手术。手术的目的：一是确诊，二是最大限度地去除子宫内膜异位症的病灶，如巧克力囊肿、卵巢外的其他异位灶等，对于盆腔内的粘连也可以进行松解，相当于对有问题的盆腔进行修正，尽量能够建立良好的盆腔结构子宫、输卵管、卵巢），也就是有利于生育的解剖和环境，达到怀孕的目的。当然在剔除卵巢子宫内膜异位囊肿时要特别注意保护正常卵巢组织，因为卵子存在于卵巢的表面，如果操作过程中不认真有可能会造成卵子数目的损伤，如果卵子数目损伤到一定程度卵巢功能出现衰退，就不可能怀孕了。也正因为如此，一般不建议对复发的卵巢子宫内膜异位囊肿再次进行手术，可以采取囊肿穿刺的方法将囊肿内的液体穿刺出来，再用乙醇注入囊肿内将囊肿的内层细胞杀死以避免复发。穿刺操作可以多次进行，以最大限度地保护卵巢里的卵子数量，这对有生育要求的人是非常有帮助的。
（2）应用药物进行治疗，通过降低雌激素和提高孕激素的药物，抑制子宫内膜异位病灶的增生，控制盆腔造成子宫内膜异位症的异常免疫环境。一般对于手术不彻底或复发的中、重度子宫内膜异位症患者，首选促性腺激素释放激素激动剂，如达菲林、诺雷德等，一般应用3-6次，每个月1次，治疗中体内的雌激素减少，病灶受到抑制，但应用久了会造成绝经期的症状；还可以长期应用避孕药，如妈富隆、达英35等。
（3）助孕治疗。轻度子宫内膜异位症患者如果输卵管功能基本正常，那么她可以选择官腔内人工授精。如果患者年龄35岁以上、有多年不孕病史，中、重度子宫内膜异位症患者手术后1年仍不能妊娠，则建议选择应用试管婴儿方法助孕治疗。