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蛋白质是机体免疫防御系统的物质基础，是各种免疫器官、免疫细胞、免疫因子的重要组成成分，蛋白质营养不良时，其有关组织器官的结构和功能均受到不同程度的影响。如胸腺及外周淋巴器官萎缩、结构异常。且这种损伤是不可逆的，一旦受损恢复极为缓慢。
影响细胞免疫，充足的优质蛋白能增加免疫细胞数量，提高战斗力，特别是T淋巴细胞的数量和功能。蛋白质缺乏是外周血中T淋巴细胞总数显著减少，吞噬细胞机能障碍，对抗原诱导的增殖反应降低。影响体液免疫，机体蛋白质水平低，细胞内酶含量不足将导致合成抗体的速度减慢。上皮及粘膜组织分泌液中分泌型IgA显著减少，溶菌酶水平下降，组织抵抗力降低，甚至可导致感染扩散。
优质蛋白是多种免疫营养物质的转运载体，是疾病预防和康复不可或缺的营养物质。在免疫功能低下的人群常有蛋白质摄入不充足的情况。

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