北京大学深圳医院原名“深圳市中心医院”，是深圳市政府投资4.5亿元人民币建成，并于1999年8月开业的现代化综合性医院。

医院目前开放病床930张，2008年门诊量210万人次，出院病人3.6万人次，收入9.3亿元。近期，深圳市政府投资近7亿元，新建外科楼和科教楼。医院总建筑面积将达22.3万m2，病床1200张。2009年9月26日，科教楼已竣工并举行移交仪式。

2001年9月，深圳市政府与北京大学签署协议，医院更名 “北京大学深圳医院”和“北京大学深圳临床医学院”，纳入北京大学医院管理体系。医院正式更名、挂牌。

经过10年苦心经营，目前医院的总资产、净资产是开业时的3倍，现代化医疗设备价值超过4亿元。引进各级、各类人才1200多名，其中副主任医师以上471名，博士学位117名，硕士学位390多名，有海外留学经历81名，北京大学的专家及毕业生84名。

医院开设临床医技科室52个，其中国家级重点学科1个，省级重点实验室1个，市级重点专科(实验室) 5个，院级重点学科4个。

经国家人事部批准，医院建立深圳市卫生系统首家博士后科研工作站。建立北京大学博士点3个，硕士点14个。

10年来，医院紧抓科学管理和改革创新两条主线，在办医理念、院-校合作、健康产业、支持保障、领导体制、选人用人、制度建设、医院文化等方面取得一定的创新和突破。 医院是北京大学首家异地合作办医的机构，也是我国院-校紧密型合作办医，实现优势互补、双赢发展的有益探索。医院以医、教、研为主体，以发展健康产业和推行支持保障系统服务社会化为两翼，推行“一体两翼”的经营模式。与北京大学合作使医院“主业”快速发展。医院在深圳市医疗质量评估中，已连续4年排名第一。健康产业使医院获得高回报，支持保障系统服务社会化使医院获得低消耗。医院综合绩效显著优于其它多数国有医院。医院创新的经营及综合绩效管理模式分别在全国推广，并先后4次获省、市科技进步奖。

医院高度重视医德医风建设，并将“质量”和“行风”定为办医的两个永恒主题。2000年，医院获广东省行风评比第一名。

医院斥巨资投入信息化建设，强力推行“技管“和“技治”。2007年，医院获卫生部“全国数字化示范医院”殊荣。医院利用HIS实时监控“大处方”和“药品异动”的做法在全国推广。

医院秉承北京大学“勤奋、严谨、求实、创新”的校训和医院“仁心仁术、博学博爱”的院训，团结一致、励精图治，努力为我国医疗卫生事业作出应有的贡献。